闪光变异后精灵外观变色，口袋高度还原了全部六世代，妖怪养成增加宠物联赛中道具掉落概率。精灵游戏中，对战游戏中，手游卫星数据服务器游戏还增加了新的口袋美国云电脑普通副本关卡，原始盖欧卡，妖怪养成3V3极限竞技带来更多的精灵战术变化，10连抽内可能出现精灵碎片，对战优化了十连抽，手游在对战中完美表现出了属性相克，口袋开放了精灵闪光功能，妖怪养成降低了融合所需要的精灵经验，完美复刻了3DS平台的对战游戏体验，开放了极限竞技场，手游增加了城内交互系统，水君等新精灵。延续了原作中精灵收集与养成的核心玩法，口袋妖怪3DS是一款基于经典IP精心打造的口袋妖怪主题手游，Mega暴鲤龙，Mega大嘴娃，炎帝，联合进化等功能。野外神兽捕捉，降低了角色30级之前升级所需经验，优化了聊天栏，并增加通用碎片， 忠实还原十八种原作属性。完美还原了宿命对决，雷神，超过700只超强小精灵，增加了Mega进化（超进化）与独树一帜的闪光精灵系统，为每一只精灵量身打造了唯一的技能释放特效，并提高个体值，新增了Mega巨钳螳螂，原始固多拉，增加了表情包，可在主城内点击玩家进行加好友与切磋操作。